FREESURFER-6.0.0-BETA

下面以 Linux 的 Ubuntu 做為範例

下載安裝 freesurfer 6.0 版 Download

因為要切 hippocampal subfields，需要安裝 Matlab R2012 runtime https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/MatlabRuntime

Linux 指令:

$> tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-v6-beta-20161028-4cfbf2a.tar.gz

$> tar -C /usr/local/freesurfer -xzvf runtime2012b.tar.gz

bashg設定

$> vi ~/.profile

$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

$> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

開啟Terminal，移動到SUBJECTS_NAME下，內有T1資料夾，T1資料夾內有.IMA檔

$> export SUBJECTS_DIR=/home/NAME/SUBJECT_NAME

$> imge=`ls T1_12CH/*.IMA|head -n 1

$> recon-all -use-gpu -subjid $SUBJECTS_DIR -all -hippocampal-subfields-T1 -i ${imge}

如果要CPU平行運算加速可以在後面加 -parallel -openmp n

n為你的CPU數量，例如有8顆CPU要全部一起平行運算就輸入8

$> recon-all -use-gpu -subjid $SUBJECTS_DIR -all -hippocampal-subfields-T1 -i ${imge} -parallel -openmp 8

開啟freeview進行觀看

$> freeview -v